プロジェクトは復元できません。
自身でエクスポート機能などを利用して手元にプロジェクトのデータを残すなどの対応をお願いします。
教育版Monacaの特記事項
フリーライセンスで一定期間プロジェクト利用が確認されない場合、プロジェクトは自動的に『削除』されます。
通常版のMonacaにあるような警告のメールやアーカイブ移動の措置はありません。
そのため、業務でのアプリ開発などでは通常版Monacaの有料プラン利用を推奨します。
なお、教育版Monacaでは特例としてフリーライセンスでもエクスポート機能が使えます。重要なプロジェクトは定期的にエクスポートしておくことをお勧めします。